Jeûne et microbiote intestinal : quels effets sur la flore intestinale ?

Lors des séjours de jeûne et randonnée Jeûne & Loire, une question revient très souvent :
que devient le microbiote intestinal après un jeûne de plusieurs jours ?

Est-il fragilisé ? “souffre-t-il” du jeûne ? Le jeûne peut-il au contraire lui être bénéfique ? Et faut-il prendre des probiotiques après une période de jeûne ?

Ces interrogations sont légitimes. En effet, le microbiote dépend fortement de notre alimentation. Alors, que se passe-t-il lorsqu’on arrête de manger pendant plusieurs jours ?

Grâce à mon parcours de chercheuse en agroécologie, j’aborde le jeûne avec un regard scientifique, en m’appuyant sur les connaissances les plus récentes pour décrypter ce qui se passe dans notre corps lorsque nous jeûnons. Ainsi, j’ai récemment assisté à une conférence du Dr Robin Mesnage, directeur scientifique des cliniques Buchinger, consacrée aux liens entre jeûne et microbiote. Les résultats sont particulièrement intéressants. C’est pourquoi je propose ici une lecture accessible de ces données scientifiques.

👉 La réponse courte est rassurante : si le jeûne influence temporairement la composition du microbiote intestinal, les études actuelles ne mettent pas en évidence d’effet délétère sur sa diversité ou son fonctionnement. Il s’agit plutôt d’une réorganisation temporaire liée aux adaptations métaboliques de l’organisme.

Microbiote intestinal : un écosystème essentiel pour la santé

Le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans notre tube digestif : bactéries, virus, champignons…

Il représente environ 1,5 à 2 kg de biomasse, soit une masse comparable à celle du cerveau.

Le microbiote intestinal joue un rôle clé dans la digestion, la protection contre les microbes indésirables, le bon fonctionnement du système immunitaire et la communication entre l’intestin et le reste de l’organisme. Véritable écosystème vivant, le microbiote contribue à maintenir l’équilibre et la santé de notre corps.

Les chercheurs parlent aujourd’hui de l’axe intestin-cerveau, une voie de communication bidirectionnelle qui participe à la régulation de l’humeur, du stress et de nombreuses fonctions physiologiques. Ainsi, cette connexion illustre l’influence considérable du microbiote bien au-delà du système digestif.

👉 Prendre soin de son microbiote est donc un véritable enjeu de santé.

Illustration scientifique du microbiote intestinal montrant l’écosystème de bactéries présentes dans l’intestin humain et leur rôle dans l’équilibre de la flore digestive.

Pour aller plus loin sur le microbiote intestinal, vous pouvez visionner le documentaire d’ARTE « Microbiote, les fabuleux pouvoirs du ventre ».

Jeûne et métabolisme : quand le corps change de carburant

Le jeûne est une capacité d’adaptation naturelle de l’organisme. En effet, lorsque nous ne mangeons pas, le corps modifie progressivement sa source d’énergie :

  • tout d’abord il utilise le glucose disponible
  • puis puise dans ses réserves
  • enfin, après quelques jours, il entre dans un état appelé cétose

Dans cet état, les graisses sont transformées en corps cétoniques, utilisés comme source d’énergie pour permette à notre corps de fonctionner efficacement.

On parle de switch métabolique : l’organisme change de carburant.

👉 Et le microbiote semble lui aussi s’adapter à cette transformation.

En savoir plus sur la physiologie du jeûne

Microbiote et jeûne : comment réagit la flore intestinale ?

Les études menées sur des personnes ayant suivis un jeûne de 10 jours en milieu médical montrent que le microbiote intestinal se réorganise temporairement.

Ainsi, certaines bactéries deviennent moins abondantes, notamment celles qui dépendent directement des fibres alimentaires apportées par l’alimentation.

Alors que d’autres semblent mieux résister à cette période de privation et utilisent d’autres ressources disponibles dans l’intestin :

  • le mucus qui tapisse la paroi intestinale
  • les composés issus du renouvellement des cellules de la muqueuse

👉 En clair, lorsque l’alimentation s’interrompt, certaines bactéries reculent tandis que d’autres prennent davantage de place. Le microbiote ne disparaît pas : il s’adapte.

Le jeûne appauvrit-il le microbiote ?

C’est probablement la question la plus importante.

À ce jour, les données scientifiques ne montrent pas d’appauvrissement durable du microbiote après un jeûne de plusieurs jours. Comme nous l’avons vu plus haut, certaines bactéries diminuent pendant le jeûne, notamment celles qui dépendent directement de notre alimentation. Alors que d’autres, au contraire, deviennent plus abondantes en utilisant des ressources produites par l’organisme lui-même.

Les changements observés pendant le jeûne sont :

  • temporaires
  • réversibles
  • fortement influencés par l’alimentation de reprise

Quelques semaines à quelques mois après la reprise d’une alimentation normale, la composition du microbiote tend à revenir vers un état proche de l’équilibre initial.

👉 Ainsi, les chercheurs parlent d’une adaptation physiologique normale au jeûne. Autrement dit, le microbiote ne disparaît pas pendant le jeûne : il se réorganise, comme l’organisme qui change de source d’énergie. Certains utilisent l’expression de « reset du microbiote » pour décrire ce phénomène.

Ces travaux laissent entrevoir des résultats intéressants concernant une possible réorganisation bénéfique du microbiote intestinal au cours du jeûne, avec une modulation de certaines populations bactériennes et virales en lien avec le changement de métabolisme.

Jeûne et microbiote : ce que dit la science

Pendant un jeûne long (7 à 10 jours dans les études disponibles), certaines bactéries dépendantes des apports alimentaires diminuent, tandis que d’autres espèces capables d’utiliser des ressources internes (mucus, renouvellement cellulaire) deviennent plus présentes.
 
Ces changements s’inscrivent dans une adaptation globale de l’organisme, liée au basculement vers l’utilisation des graisses et des corps cétoniques. Les études suggèrent que ces modifications sont réversibles, qu’elles dépendent en grande partie de la reprise alimentaire, et qu’elles pourraient avoir un effet plutôt bénéfique.
 
À retenir :
• le jeûne modifie temporairement le microbiote intestinal
• aucune preuve d’un appauvrissement durable
• les changements sont liés au métabolisme
• la reprise alimentaire est déterminante
• ces mécanismes sont encore étudiés

Microbiote et adaptation au jeûne : l’exemple de l’ours

Les chercheurs ont observé un phénomène comparable chez l’ours brun.

Selon les saisons, son microbiote évolue en fonction de ses besoins énergétiques et de ses périodes d’alimentation réduite.

En été, son microbiote est lié à des fonctions de stockage des réserves énergétiques nécessaires à l’hibernation.
En l’hiver, sa composition change et s’adapte à cette longue période sans alimentation, avec des modifications impliquées notamment dans le fonctionnement du système immunitaire.

Bien que ces observations ne soint pas directement transposables à l’humain, elles montrent une chose intéressante :

👉 le microbiote est étroitement lié au métabolisme de son hôte.

Microbiote intestinal : le rôle du virome pendant le jeûne

Le microbiote ne se limite pas aux bactéries. En effet, il comprend aussi des virus, notamment des bactériophages, qui infectent les bactéries.

Des recherches récentes suggèrent que le jeûne pourrait également modifier cette population virale.

Les chercheurs observent une réorganisation des relations entre bactéries et virus pendant et après le jeûne. Certains phages pourraient contribuer à stabiliser les bactéries bénéfiques lors de cette période d’adaptation.

👉 Ces résultats sont particulièrement prometteurs, mais restent encore à confirmer.

Le microbiote buccal évolue aussi pendant le jeûne

Dans une perspective plus large, le microbiote buccal évolue également lors du jeûne.

La mauvaise haleine souvent observée pendant le jeûne est principalement liée à la production de composés soufrés et à l’utilisation des graisses comme source d’énergie.

Des observations préliminaires suggèrent également un impact positif sur le microbiote buccal, notamment sur certains marqueurs associés à la santé gingivale et parodontale. Ces observations devront être confirmées par d’autres études mais elles montrent que les effets du jeûne dépassent largement le seul intestin.

Jeûne, microbiote intestinal et bien-être : lien avec le cerveau

Le microbiote communique en permanence avec le cerveau via plusieurs voies :

  • le système nerveux ;
  • le système immunitaire ;
  • certaines molécules produites dans l’intestin.

Parallèlement, le jeûne entraîne des modifications du système nerveux autonome.

On observe généralement :

  • une phase d’adaptation au début du jeûne avec activation du système sympathique
  • puis une augmentation de l’activité parasympathique, associée au repos, à la récupération et à un état plus calme ou introspectif

👉 Ces phénomènes sont encore étudiés, mais ils illustrent l’étroite connexion entre métabolisme, cerveau et microbiote.

Faut-il prendre des probiotiques après un jeûne ?

À ce jour, il n’existe pas de preuve solide justifiant la prise systématique de probiotiques après un jeûne.

La priorité reste de réalimenter le microbiote de manière progressive et qualitative, avec :

  • des légumes variés
  • des fibres
  • des fruits
  • des légumineuses
  • des aliments riches en polyphénols
  • des aliments fermentés (si bien tolérés)
  • et éviter les produits ultra-transformés

👉 Les probiotiques peuvent être utiles dans certains cas spécifiques, mais ne sont pas indispensables de manière systématique. Leur intérêt dépend fortement du contexte et de l’alimentation de reprise.

Jeûne et microbiote : Ce qu’il faut retenir

En résumé, le jeûne ne met pas le microbiote “au régime” au sens d’un appauvrissement durable. En effet, les données scientifiques montrent plutôt qu’il :

  • s’adapte à l’absence temporaire d’alimentation
  • se réorganise de manière transitoire
  • dépend fortement de la reprise alimentaire

Les recherches actuelles montrent plutôt que le jeûne amène le microbiote à s’adapter à un nouvel environnement métabolique, exactement comme notre organisme change lui-même de carburant lorsqu’il entre en cétose.

Cette capacité d’adaptation rappelle une évidence souvent oubliée : notre corps n’est pas fait pour être alimenté en permanence. En effet, il possède des mécanismes ancestraux lui permettant de traverser des périodes sans nourriture, et notre microbiote semble participer pleinement à cette remarquable faculté d’adaptation.

Cette dynamique naturelle d’adaptation ouvre une piste essentielle : et si le jeûne permettait simplement de redonner au corps — et à son microbiote — l’espace nécessaire pour retrouver ses propres équilibres biologiques ?

Sources scientifiques